Il Capitano Hunt, insieme alla sua nave, è rimasto intrappolato per più di 300 anni in stasi all'interno di un buco nero, ma grazie al soccorso dal vascello Eureka Maru, comandato da Rebeka Valentine, riesce a liberarsi. L'uomo decide di stringere un accordo con i mercenari che lo hanno appena liberato. Tutto l'equipaggio viene trasferito sulla Andromeda Ascendant e inizia una nuova missione: combattere i nemici comuni per restaurare il Commonwealth Galattico e riportare la pace perduta