Mentre Trinity veglia Neo ancora in coma, Morpheus sta cercando di adattarsi alla realtà che l'Uno su cui aveva fondato le sue speranze di una nuova rinascita ÿ, in realtà , un altro sistema di controllo ideato dagli architetti di Matrix. Intanto l'esercito di Zion, aiutato da valorosi volontari come Zee e Kid, combatte per ritardare l'avanzata delle sentinelle e delle macchine. A fiaccare la resistenza dei combattenti anche il fatto che l'agente Smith ÿ divenuto potentente al punto tale da voler distruggere insieme le macchine e il mondo reale. Con l'aiuto di Niobe, Neo e Trinity decidono di sfidare il nemico nel loro cuore dove nessuno si era mai avventurato, la Città delle Macchine.