Terra, otto mesi dopo la fine della Guerra di un Anno. Il capitano Monica lancia una missione segreta, l⿿Operazione Thunderbolt⿿,e seleziona Io per pilotare l⿿Atlas Gundam. Dovrà guidare la nave d⿿assalto Spartan in una zona dell⿿Oceano controllata dalla South Seas Alliance. L⿿obiettivo ÿ recuperare o distruggere i dati dello Psycho Zaku, di cui ora l⿿alleanza ÿ in possesso. Daryl, dopo aver vinto lo scontro con Io, scende sulla Terra insieme alle restanti forze del Principato di Zeon, anche lui per ottenere informazioni sullo Psycho Zaku. Combattendo con i suoi nuovi compagni, Io incontra Peer, comandante della guarnigione di frontiera della South Sea Alliance. In mare, sul ghiaccio e attraverso la giungla, i mobile suit di Zeon, della Federazione e dell⿿Alleanza si scontrano in una battaglia senza tregua.