Vero e proprio contraltare di quella combattuta su vari fronti, la "guerra segreta" costituisce un aspetto essenziale del secondo conflitto mondiale. La globalità dello scontro tra gli Alleati e le potenze dell'Asse apre una fase nuova sia sul versante del progresso tecnologico che su quello tattico e strategico, politico e ideologico. Cresce in modo esponenziale il peso dei servizi segreti, attivamente coinvolti nell'impostazione strategica delle operazioni belliche. Le attività di spionaggio comprendono la propaganda e la disinformazione, la tecnologia e la prestidigitazione, l'uso sistematico del doppio gioco, le operazioni di "commando" e i "lavori sporchi". Il conflitto è anche lo scontro tra ideologie tra loro concorrenziali (democrazia, nazifascismo e comunismo) che condiziona il quadro militare, vede nascere la nuova figura della spia "ideologica" e inaugura la collaborazione tra due mondi fin qui lontani: quello degli scienziati e quello delle spie. "La guerra segreta" del 1939-45 apre la strada al confronto, più tecnologizzato e cinico, che oppone per mezzo secolo il blocco occidentale e quello orientale.