Il giocatore deve ruotare e spostare ogni livello per condurre una goccia di mercurio attraverso ponti, canali, interruttori e ostacoli di ogni tipo. Mercury utilizza un motore fisico incredibilmente sofisticato, che calcola in tempo reale il movimento del metallo liquido mentre questo scivola e si deforma intorno ad ogni cosa che incontra sul suo cammino. Nonostante la complessità delle formule matematiche messe a punto dai programmatori di Awesome Studios (definite dalla prestigiosa rivista britannica Edge come "il non plus ultra" del genere), il sistema di controllo è estremamente semplice e la giocabilità immediata. Gli enigmi che il giocatore si trova a fronteggiare possono infatti costringerlo a dividere in liquido in più parti di diverso colore, ad aprire porte, attivare interruttori...