Nei Giardini di Kensington vi è un lago, il Serpentine, dove c'è un'isola, l'Isola degli Uccelli. Qui comanda incontrastato il corvo Salomone. A lui le donne indirizzano lettere supplichevoli: desiderose di diventare madri chiedono a Salomone i figli per loro più belli. E Salomone dirige stormi di fringuelli, tordi e passeri nelle case di Londra, a diventare bambini.
Peter ha solo sette giorni di vita, e come tutti i neonati è per metà un uccello e per metà essere umano; per questo, quando sua madre lascia inavvertitamente una finestra aperta, lui riesce a volare via dalla sua casa di Londra e torna ai Giardini di Kensington. Qui Salomone gli spiega che non è più né un uccello né un bambino, è un mezzo-mezzo.
Quando Peter apprende la realtà, perde automaticamente la facoltà di volare, ma poiché non sa neanche nuotare dovrà rimanere a vita sull'isola. Impara dagli uccelli moltissime cose, tranne che dalle anatre: per loro nuotare è talmente semplice che non riescono a capire come Peter non ci riesca.
Il sogno di Peter è comunque quello di raggiungere i Giardini: per questo si fa aiutare dai tordi a costruire un grande nido che utilizzerà come naviglio per andare e venire dall'isola.
Illustrazione di Arthur Rackham di Peter su di un nido di uccello, mentre attraversa il lago della Serpentina.
Gli esseri fatati che abitano i Giardini, dapprima spaventati da Peter, gradualmente ne diventano amici. Anche dalle fate Peter impara tante cose, tranne come i bambini del Parco giocano: per esempio, un cerchio trovato per terra viene da lui utilizzato come barca nella fontana; pensa che i passeggini siano degli animali; non sa cosa sia un bacio.
Peter impara a suonare il Flauto di Pan guadagnandosi il soprannome di Pan; le fate gli permettono di suonarlo durante le loro feste notturne. Deliziata dal suo suono, Mab, la regina delle fate, gli concede di esaudire due desideri. Il bambino non ha mai dimenticato sua madre, così come primo desiderio chiede di poter volare per rivederla. Gli si stringe il cuore, eppure poiché ha ancora un desiderio da esaudire, decide di aspettare a mostrarsi a sua madre. Quando sarà il momento, ritornerà.
Le fate, tuttavia, sono molto tristi per l'addio di Peter, e decidono di salutare il loro amico con una festa e la sera dopo ne viene fatta un'altra, e poi un'altra ancora e così via. Quando finalmente il bambino si decide a tornare a casa ha un'amara sorpresa: senza che lui se ne accorgesse è passato tantissimo tempo e contemporaneamente sua madre ha dato alla luce un altro bambino. La finestra di casa sua, un tempo lasciata sempre aperta perché Peter potesse tornare, è ora chiusa e sbarrata da spranghe di ferro perché l'altro bambino non voli via come lui. Peter capisce di aver perso l'amore di sua madre e col cuore in pezzi tornerà, stavolta definitivamente, ai Giardini di Kensington.
Tempo dopo Peter incontra Maimie Mannering, una bambina che si è persa nei Giardini; i due diventano amici e Peter ne rimane talmente invaghito che le chiederà addirittura di sposarla. Maimie vorrebbe acconsentire, ma si rende conto che sposare Peter vorrebbe dire abbandonare per sempre sua madre, che di sicuro ne sarebbe devastata; così la bambina ritorna a casa, ma non dimenticherà mai Peter e da grande gli regalerà una capretta immaginaria perché Peter non rimanga mai solo.