È il primo film d'animazione sui Puffi, ispirato al racconto scritto da Peyo nel 1958 nel quale i piccoli omini blu fanno la loro prima comparsa! Ambientato nel medioevo, la storia ha per protagonisti John e Solfamì, due personaggi dei cartoni animati anch'essi nati dalla fantasia di Peyo; ma saranno i Puffi a risolvere l'intricata vicenda e a diventare, grazie al loro enorme successo, i personaggi che da oltre 50 anni allietano i bambini di tutto il mondo. John, un giovane cavaliere, e Solfamì, il suo ingenuo scudiero, si imbattono in uno strano flauto a sei fori, dotato di magici poteri: il suono del flauto infatti costringe la gente a ballare fino a cadere addormentata. Il flauto purtroppo finisce nelle grinfie di Matteo Manolesta che, insieme al duca Gran Canaglia, pensa di utilizzarlo per detronizzare il re. John e Solfamì scoprono che solo i Puffi, creatori del magico strumento, possono aiutarli e si affidano ai consigli del Grande Puffo per rintracciare i furfanti e sfidarli in una battaglia all'ultima nota!