Il leggendario samurai noto solo come "Jack" è bloccato in un bizzarro futuro dominato dal demoniaco stregone Mutaforma Aku. Dopo aver tentato invano di tornare al proprio tempo, stavolta sembra che Jack abbia davvero una possibilità con l'antica reliquia nota come la "fune degli eoni". Che l'impresa abbia inizio.