Tokyo, 2014. Akira Natsume รจ uno studente delle superiori introverso e con un rapporto conflittuale con la tecnologia. Proprio nel momento in cui decide di fare il primo passo verso il cambiamento va incontro a una tragica fine. Baia di Tokyo, 2030. In un hangar del porto sta per avvenire lo scambio di una potentissima arma tra due bande criminali. L'agente di polizia Minami Uezono e la sua compagna androide Alma, che sono sul posto, vengono attaccate da un nemico equipaggiato con l'Ex-Arm 08. Per dlfendersi, le due non hanno altra scelta che attivare l'Ex-Arm 00 sottratta proprio ai delinquenti...