Il giovane architetto Shimizu scopre, in una caverna nell'isola di Okinawa, uno strano dipinto murale e la statua di un leone, soprannominato Re Seesar. L'improvvisa apparizione di Godzilla dal monte Fuji semina rovina e terrore fino a che non lo contrasta un altro Godzilla. Questa scoperta infatti, induce gli scienziati alla presenza di occupanti venuti dallo spazio e desiderosi di distruggere l'umanità per mezzo di Mechagodzilla, un sosia meccanico del mostro antico amico degli uomini