Il DVD contiene i seguenti episodi: 35.Il duello del millennio (prima parte): Yugi si prepara per l'ultimo incontro con Pegasus che è ancora in possesso delle anime di suo nonno, di Kaiba e di Mokuba. Nel frattempo Tristan e Bakura si infiltrano all'interno del castello per cercare i fratelli Kaiba e proprio nel momento cruciale, Bakura da segni strani. Ritornerà ad essere l'avversario spietato di prima?; 36.Il duello del millennio (seconda parte): Pegasus punisce Yugi utilizzando le stesse tattiche di gioco utilizzate su Kaiba. Mentre le strategie di Yugi sono esposte una ad una, le sue chance di vincere svaniscono lentamente. Cosa accadrebbe se Pegasus rubasse l'anima di Yugi e la mettesse all'interno di una carta come fatto con Kaiba?; 37.Il duello del millennio (terza parte): Yugi vuol porre fine alla capacità di Pegasus di leggere nelle menti altrui. Yugi è in grado di distruggere il mondo di Pegasus, ma il duello è appena iniziato e il prossimo passo del Gioco mortale delle Ombre sta per avere inizio!